Organisation
Derzeit besteht das Max-Planck-Institut für medizinische Forschung aus vier Abteilungen und sieben unabhängigen Forschungsgruppen.
Kollegium
Das Institut steht unter der wissenschaftlichen und verwaltenden Leitung des Direktorenkollegiums. Dem Kollegium steht für die Dauer von zwei oder drei Jahren ein/e Geschäftsführende/r Direktor/in vor. Der/die Geschäftsführende Direktor/in und sein/e Stellvertreter/in setzen die Beschlüsse des Kollegiums um und führen die Tagesgeschäfte. Gegenwärtig besteht das Kollegium aus vier Wissenschaftlichen Mitgliedern der Max-Planck-Gesellschaft.
Kai Johnsson (Geschäftsführender Direktor)
Joachim P. Spatz (Stellvertretender Geschäftsführender Direktor)

Institutsleitung
Geschäftsführender Direktor: Kai Johnsson
Stellvertretender Geschäftsführender Direktor: Joachim Spatz
Verwaltungsleiter: Joachim Müller

MitarbeiterInnenvertretung
Ombudsperson des Instituts: Jochen Reinstein
Mitarbeitervertreter des Instituts in der biologisch-medizinischen Sektion: Matthias Fischer
Gleichstellungsbeauftragte: Elisabeth Fuhry
Stellvertretende Gleichstellungsbeauftragte: Jade Cottam Jones, Desiree Sauter

Faculty
Die Faculty ist das Gremium am Institut, das aus allen unabhängigen WissenschaftlerInnen besteht, d.h. den Direktor*innen und Forschungsgruppenleiter*innen. Dieses Gremium diskutiert verschiedene Themen auf Institutsebene und führt wichtige Informationen zusammen.