Publications of R. Bruce Doak

Wiedorn, M. O.; Oberthür, D.; Bean, R.; Schubert, R.; Werner, N.; Abbey, B.; Aepfelbacher, M.; Adriano, L.; Allahgholi, A.; Al-Qudami, N. et al.; Andreasson, J.; Aplin, S.; Awel, S.; Ayyer, K.; Bajt, S.; Barák, I.; Bari, S.; Bielecki, J.; Botha, S.; Boukhelef, D.; Brehm, W.; Brockhauser, S.; Cheviakov, I.; Coleman, M. A.; Cruz-Mazo, F.; Danilevski, C.; Darmanin, C.; Doak, R. B.; Domaracky, M.; Dörner, K.; Du, Y.; Fangohr, H.; Fleckenstein, H.; Frank, M.; Fromme, P.; Gañán-Calvo, A. M.; Gevorkov, Y.; Giewekemeyer, K.; Ginn, H. M.; Graafsma, H.; Graceffa, R.; Greiffenberg, D.; Gumprecht, L.; Göttlicher, P.; Hajdu, J.; Hauf, S.; Heymann, M.; Holmes, S.; Horke, D. A.; Hunter, M. S.; Imlau, S.; Kaukher, A.; Kim, Y.; Klyuev, A.; Knoška, J.; Kobe, B.; Kuhn, M.; Kupitz, C.; Küpper, J.; Lahey-Rudolph, J. M.; Laurus, T.; Le Cong, K.; Letrun, R.; Xavier, P. L.; Maia, L.; Maia, F. R. N. C.; Mariani, V.; Messerschmidt, M.; Metz, M.; Mezza, D.; Michelat, T.; Mills, G.; Monteiro, D. C. F.; Morgan, A.; Mühlig, K.; Munke, A.; Münnich, A.; Nette, J.; Nugent, K. A.; Nuguid, T.; Orville, A. M.; Pandey, S.; Pena, G.; Villanueva-Perez, P.; Poehlsen, J.; Previtali, G.; Redecke, L.; Riekehr, W. M.; Rohde, H.; Round, A.; Safenreiter, T.; Sarrou, I.; Sato, T.; Schmidt, M.; Schmitt, B.; Schönherr, R.; Schulz, J.; Sellberg, J. A.; Seibert, M. M.; Seuring, C.; Shelby, M. L.; Shoeman, R. L.; Sikorski, M.; Silenzi, A.; Stan, C. A.; Shi, X.; Stern, S.; Sztuk-Dambietz, J.; Szuba, J.; Tolstikova, A.; Trebbin, M.; Trunk, U.; Vagovic, P.; Ve, T.; Weinhausen, B.; White, T. A.; Wrona, K.; Xu, C.; Yefanov, O.; Zatsepin, N.; Zhang, J.; Perbandt, M.; Mancuso, A. P.; Betzel, C.; Chapman, H.; Barty, A.: Megahertz serial crystallography. Nature Communications 9, 4025, pp. 1 - 11 (2018)

Grünbein, M. L.; Bielecki, J.; Gorel, A.; Stricker, M.; Bean, R.; Cammarata, M.; Dörner, K.; Fröhlich, L.; Hartmann, E.; Hauf, S. et al.; Hilpert, M.; Kim, Y.; Kloos, Marco (Department of Biomolecular Mechanisms, Max Planck Institute for Medical Research, Max Planck Society), M.; Letrun, R.; Messerschmidt, M.; Mills, G.; Nass Kovács, G.; Ramilli, M.; Roome, C. M.; Sato, T.; Scholz, M.; Sliwa, M.; Sztuk-Dambietz, J.; Weik, M.; Weinhausen, B.; Al-Qudami, N.; Boukhelef, D.; Brockhauser, S.; Ehsan, W.; Emons, M.; Esenov, S.; Fangohr, H.; Kaukher, A.; Kluyver, T.; Lederer, M.; Maia, L.; Manetti, M.; Michelat, T.; Münnich, A.; Pallas, F.; Palmer, G.; Previtali, G.; Raab, N.; Silenzi, A.; Szuba, J.; Venkatesan, S.; Wrona, K.; Zhu, J.; Doak, B.; Shoeman, R. L.; Foucar, L.; Colletier, J.-P.; Mancuso, A. P.; Barends, T. R. M.; Stan, C. A.; Schlichting, I.: Megahertz data collection from protein microcrystals at an X-ray free-electron laser. Nature Communications 9 (1), 3487, pp. 1 - 9 (2018)

Grünbein, M. L.; Shoeman, R. L.; Doak, B.: Velocimetry of fast microscopic liquid jets by nanosecond dual-pulse laser illumination for megahertz X-ray free-electron lasers. Optics Express 26 (6), pp. 7190 - 7203 (2018)

Coquelle, N.; Sliwa, M.; Woodhouse, J.; Schirò, G.; Adam, V.; Aquila, A.; Barends, T. R. M.; Boutet, S.; Byrdin, M.; Carbajo, S. et al.; la Mora, E. D.; Doak, R. B.; Feliks, M.; Fieschi, F.; Foucar, L.; Guillon, V.; Hilpert, M.; Hunter, M. S.; Jakobs, S.; Koglin, J. E.; Kovácsová, G.; Lane, T. J.; Lévy, B.; Liang, M.; Nass, K.; Ridard, J.; Robinson, J. S.; Roome, C. M.; Ruckebusch, C.; Seaberg, M.; Thepaut, M.; Cammarata, M.; Demachy, I.; Field, M.; Shoeman, R. L.; Bourgeois, D.; Colletier, J.-P.; Schlichting, I.; Weik, M.: Chromophore twisting in the excited state of a photoswitchable fluorescent protein captured by time-resolved serial femtosecond crystallography. Nature Chemistry 10, pp. 31 - 37 (2018)

Doak, B.; Nass Kovács, G.; Gorel, A.; Foucar, L.; Barends, T.; Grünbein, M. L.; Hilpert, M.; Kloos, M.; Roome, C. M.; Shoeman, R. L. et al.; Stricker, M.; Tono , K.; You , D.; Ueda, K.; Sherrell, D. A.; Owene, R. L.; Schlichting, I.: Crystallography on a chip – without the chip: sheet-on-sheet sandwich. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology 74, pp. 1000 - 1007 (2018)

Gorel, A.; Motomura, K.; Fukuzawa, H.; Doak, R. B.; Grünbein, M. L.; Hilpert, M.; Inoue, I.; Kloos, M.; Nass Kovács, G.; Nango, E. et al.; Nass, K.; Roome, C. M.; Shoeman, R. L.; Tanaka, R.; Tono, K.; Foucar, L.; Joti, Y.; Yabashi, M.; Iwata, S.; Ueda, K.; Barends, T. R. M.; Schlichting, I.: Two-colour serial femtosecond crystallography dataset from gadoteridol-derivatized lysozyme for MAD phasing. Scientific Data 4, 170188, pp. 1 - 11 (2017)

Gorel, A.; Motomura, K.; Fukuzawa, H.; Doak, B.; Grünbein, M. L.; Hilpert, M.; Inoue, I.; Kloos, M.; Kovácsová, G.; Nango, E. et al.; Nass, K.; Roome, C. M.; Shoeman, R. L.; Tanaka, R.; Tono, K.; Joti, Y.; Yabashi, M.; Iwata, S.; Foucar, L.; Ueda, K.; Barends, T. R.M.; Schlichting, I.: Multi-wavelength anomalous diffraction de novo phasing using a two-colour X-ray free-electron laser with wide tunability. Nature Communications 8, 1170, pp. 1 - 8 (2017)

Kovácsová, G.; Grünbein, M. L.; Kloos, M.; Barends, T.; Schlesinger, R.; Heberle, J.; Kabsch, W.; Shoeman, R. L.; Doak, B.; Schlichting, I.: Viscous hydrophilic injection matrices for serial crystallography. IUCrL Internationale Union für Kristallographie 4 (4), pp. 400 - 410 (2017)

Li, X.; Chiu, C.-Y.; Wang, H.-J.; Kassemeyer, S.; Botha, S.; Shoeman, R. L.; Lawrence, R. M.; Kupitz, C.; Kirian, R.; James, D. et al.; Wang, D.; Nelson, G.; Messerschmidt, M.; Boutet, S.; Williams, G. J.; Hartmann, E.; Jafarpour, A.; Foucar, L.; Barty, A.; Chapman, H.; Liang, M.; Menzel, A.; Wang, F.; Basu, S.; Fromme, R.; Doak, B.; Fromme, P.; Weierstall, U.; Huang, M. H.; Spence, J. C.H.; Schlichting, I.; Hogue, B. G.; Liu, H.: Corrigendum: Diffraction data of core-shell nanoparticles from an X-ray free electron laser. Scientific Data 4, 170154, p. 1 (2017)

Li, X.; Chiu, C.-Y.; Wang, H.-J.; Kassemeyer, S.; Botha, S.; Shoeman, R. L.; Lawrence, R. M.; Kupitz, C.; Kirian, R.; James, D. et al.; Wang, D.; Nelson, G.; Messerschmidt, M.; Boutet, S.; Williams, G. J.; Hartmann, E.; Jafarpour, A.; Foucar, L.; Barty, A.; Chapman, H.; Liang, M.; Menzel, A.; Wang, F.; Basu, S.; Fromme, R.; Doak, B.; Fromme, P.; Weierstall, U.; Huang, M. H.; Spence, J. C. H.; Schlichting, I.; Hogue, B. G.; Liu, H.: Diffraction data of core-shell nanoparticles from an X-ray free electron laser. Scientific Data 4, 170048, pp. 1 - 8 (2017)

Nass, K.; Meinhart, A.; Barends, T. R. M.; Foucar, L.; Gorel, A.; Aquila, A.; Botha, S.; Doak, R. B.; Koglin, J.; Liang, M. et al.; Shoeman, R. L.; Williams, G.; Boutet, S.; Schlichting, I.: Protein structure determination by single-wavelength anomalous diffraction phasing of X-ray free-electron laser data. IUCrJ 3 (3), pp. 180 - 191 (2016)

Barends, T. R. M.; Foucar, L.; Ardevol, A.; Nass, K.; Aquila, A.; Botha, S.; Doak, R. B.; Falahati, K.; Hartmann, E.; Hilpert, M. et al.; Heinz, M.; Hoffmann, M. C.; Köfinger, J.; Koglin, J. E.; Kovácsová, G.; Liang, M.; Milathianaki, D.; Lemke, H.; Reinstein, J.; Roome, C. M.; Shoeman, R. L.; Williams, G. J.; Burghardt, I.; Hummer, G.; Boutet, S.; Schlichting, I.: Direct observation of ultrafast collective motions in CO myoglobin upon ligand dissociation. Science 350 (6259), pp. 445 - 450 (2015)

Galli, L.; Son, S.-K.; Barends, T. R. M.; White, T. A.; Barty, A.; Botha, S.; Boutet, S.; Caleman, C.; Doak, B.; Nanao, M. H. et al.; Nass, K.; Shoeman, R. L.; Timneanu, N.; Santra, R.; Schlichting, I.; Chapmana, H. N.: Towards phasing using high X-ray intensity. IUCrJ (accepted)

Bublitz, M.; Nass, K.; Drachmann, N. D.; Markvardsen, A. J.; Gutmann, M. J.; Barends, T. R. M.; Mattle, D.; Shoeman, R. L.; Doak, R. B.; Boutet, S. et al.; Messerschmidt, M.; Seibert, M. M.; Williams, G. J.; Foucar, L.; Reinhard, L.; Sitsel, O.; Gregersen, J. L.; Clausen, J. D.; Boesen, T.; Gotfryd, K.; Wang, K.-T.; Olesen, C.; Møller, J. V.; Nissena, P.; Schlichting, I.: Structural studies of P-type ATPase–ligand complexes using an X-ray free-electron laser. IUCrJ 2 (Pt 4), pp. 409 - 420 (2015)

Barends, T.; White, T. A.; Barty, A.; Foucar, L.; Messerschmidt, M.; Alonso-Mori, R.; Botha, S.; Chapman, H.; Doak, R. B.; Galli, L. et al.; Gati, C.; Gutmann, M.; Koglin, J.; Markvardsen, A.; Nass, K.; Oberthur, D.; Shoeman, R. L.; Schlichting, I.; Boutet, S.: Effects of self-seeding and crystal post-selection on the quality of Monte Carlo-integrated SFX data. Journal of Synchrotron Radiation 22 (3), pp. 644 - 652 (2015)

Boutet, S.; Foucar, L.; Barends, T.; Botha, S.; Doak, R. B.; Koglin, J. E.; Messerschmidt, M.; Nass, K.; Schlichting, I.; Seibert, M. M. et al.; Shoeman, R. L.; Williams, G. J.: Characterization and use of the spent beam for serial operation of LCLS. Journal of Synchrotron Radiation 22 (3), pp. 634 - 643 (2015)

Feng, Y.; Alonso-Mori, R.; Barends, T.; Blank, V. D.; Botha, S.; Chollet, M.; Damiani, D. S.; Doak, R. B.; Glownia, J. M.; Koglin, J. M. et al.; Lemke, H. T.; Messerschmidt, M.; Nass, K.; Nelson, S.; Schlichting, I.; Shoeman, R. L.; Shvyd’ko, Y. V.; Sikorski, M.; Song, S.; Stoupin, S.; Terentyev, S.; Williams, G. J.; Zhu, D.; Robert, A.; Boutet, S.: Demonstration of simultaneous experiments using thin crystal multiplexing at the Linac Coherent Light Source. Journal of Synchrotron Radiation 22 (3), pp. 626 - 633 (2015)

Nass, K.; Foucar, L.; Barends, T.; Hartmann, E.; Botha, S.; Shoeman, R. L.; Doak, B.; Alonso-Mori, R.; Aquila, A.; Bajt, S. et al.; Barty, A.; Bean, R.; Beyerlein, K. R.; Bublitz, M.; Drachmann, N.; Gregersen, J.; Jönsson, H. O.; Kabsch, W.; Kassemeyer, S.; Koglin, J. E.; Krumrey, M.; Mattle, D.; Messerschmidt, M.; Nissen, P.; Reinhard, L.; Sitsel, O.; Sokaras, D.; Williams, G. J.; Hau-Riege, S.; Timneanu, N.; Caleman, C.; Chapman, H. N.; Boutet, S.; Schlichting, I.: Indications of radiation damage in ferredoxin microcrystals using high-intensity X-FEL beams. Journal of Synchrotron Radiation 22 (2), pp. 225 - 238 (2015)

Botha, S.; Nass, K.; Barends, T.; Kabsch, W.; Latz, B.; Dworkowski, F.; Foucar, L.; Panepucci, E.; Wang, M.; Shoeman, R. L. et al.; Schlichting, I.; Doak, B.: Room-temperature serial crystallography at synchrotron X-ray sources using slowly flowing free-standing high-viscosity microstreams. Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography (Copenhagen) 71 (2), pp. 387 - 397 (2015)

Arnlund, D.; Johansson, L. C.; Wickstrand, C.; Barty, A.; Williams, G. J.; Malmerberg, E.; Davidsson, J.; Milathianaki, D.; DePonte, D. P.; Shoeman, R. L. et al.; Wang, D.; James, D.; Katona, G.; Westenhoff, S.; White, T. A.; Aquila, A.; Bari, S.; Berntsen, P.; Bogan, M.; van Driel, T. B.; Doak, R. B.; Kjær, K. S.; Frank, M.; Fromme, R.; Grotjohann, I.; Henning, R.; Hunter, M. S.; Kirian, R. A.; Kosheleva, I.; Kupitz, C.; Liang, M.; Martin, A. V.; Nielsen, M. M.; Messerschmidt, M.; Seibert, M. M.; Sjöhamn, J.; Stellato, F.; Weierstall, U.; Zatsepin, N. A.; Spence, J. C. H.; Fromme, P.; Schlichting, I.; Boutet, S.; Groenhof, G.; Chapman, H. N.; Neutze, R.: Visualizing a protein quake with time-resolved X-ray scattering at a free-electron laser. Nature methods 11 (9), pp. 923 - 926 (2014)