Publications of Bruce Doak

Sawaya, M. R.; Cascio, D.; Gingery, M.; Rodriguez, J.; Goldschmidt, L.; Colletier, J.-P.; Messerschmidt, M. M.; Boutet, S.; Koglin, J. E.; Williams, G. J. et al.; Brewster, A. S.; Nass, K.; Hattne, J.; Botha, S.; Doak, B.; Shoeman, R. L.; DePonte, D. P.; Park, H.-W.; Federici, B. A.; Sauter, N. K.; Schlichting, I.; Eisenberg, D. S.: Protein crystal structure obtained at 2.9 Å resolution from injecting bacterial cells into an X-ray free-electron laser beam. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 111 (35), pp. 12769 - 12774 (2014)

Lee, H.-H.; Cherni, I.; Yu, H.; Fromme, R.; Doran, J. D.; Grotjohann, I.; Mittman, M.; Basu, S.; Deb, A.; Dörner, K. et al.; Aquila, A.; Barty, A.; Boutet, S.; Chapman, H. N.; Doak, R. B.; Hunter, M. S.; James, D.; Richard, A. K.; Kupitz, C.; Lawrence, R. M.; Liu, H.; Nass, K.; Schlichting, I.; Schmidt, K. E.; Seibert, M. M.; Shoeman, R. L.; Spence, J. C. H.; Stellato, F.; Weierstall, U.; Williams, G. J.; Yoon, C.; Wang, D.; Zatsepin, N. A.; Hogue, B. G.; Matoba, N.; Frommea, P.; Mor, T. S.: Coherent diffractive imaging; Photoreceptors; Analytical Protein Biochemistry; Coherent diffractive imaging. IUCrJ 1 (5), pp. 305 - 317 (2014)

Barends, T. R.M.; Foucar, L.; Botha, S.; Doak, B.; Shoeman, R. L.; Nass, K.; Koglin, J. E.; Williams, G. J.; Boutet, S.; Messerschmidt, M. et al.; Schlichting, I.: De novo protein crystal structure determination from X-ray free-electron laser data. Nature 505 (7482), pp. 244 - 247 (2014)

Demirci, H.; Sierra, R. G.; Laksmono, H.; Shoeman, R. L.; Botha, S.; Barends, T.; Nass, K.; Schlichting, I.; Doak, B.; Gati, C. et al.; Williams, G. J.; Boutet, S.; Messerschmidt, M.; Jogl, G.; Dahlberg, A. E.; Gregory, S. T.; Bogan, M. J.: Serial femtosecond X-ray diffraction of 30S ribosomal subunit microcrystals in liquid suspension at ambient temperature using an X-ray free-electron laser. Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications 69 (9), pp. 1066 - 1069 (2013)

Redecke, L.; Nass, K.; DePonte, D. P.; White, T. A.; Rehders, D.; Barty, A.; Stellato, F.; Liang, M.; Barends, T. R.M.; Boutet, S. et al.; Williams, G. J.; Messerschmidt, M.; Seibert, M. M.; Aquila, A.; Arnlund, D.; Bajt, S.; Barth, T.; Bogan, M. J.; Caleman, C.; Chao, T.; Doak, R. B.; Fleckenstein, H.; Frank, M.; Fromme, R.; Galli, L.; Grotjohann, I.; Hunter, M. S.; Johansson, L. C.; Kassemeyer, S.; Katona, G.; Kirian, R. A.; Koopmann, R.; Kupitz, C.; Lomb, L.; Martin, A. V.; Mogk, S.; Neutze, R.; Shoeman, R. L.; Steinbrener, J.; Timneanu, N.; Wang, D.; Weierstall, U.; Zatsepin, N. A.; Spence, J. C. H.; Fromme, P.; Schlichting, I.; Duszenko, M.; Betzel, C.; Chapman, H. N.: Natively inhibited Trypanosoma brucei cathepsin B structure determined by using an X-ray laser. Science 339 (6116), pp. 227 - 230 (2013)

Starodub, D.; Aquila, A.; Bajt, S.; Barthelmess, M.; Barty, A.; Bostedt, C.; Bozek, J. D.; Coppola, N.; Doak, R. B.; Epp, S. W. et al.; Erk, B.; Foucar, L.; Gumprecht, L.; Hampton, C. Y.; Hartmann, A.; Hartmann, R.; Holl, P.; Kassemeyer, S.; Kimmel, N.; Laksmono, H.; Liang, M.; Loh, N.-T. D.; Lomb, L.; Martin, A. V.; Nass, K.; Reich, C.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Schulz, J.; Shoeman, R. L.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Steinbrener, J.; Stellato, F.; Stern, S.; Weidenspointner, G.; Frank, M.; Ullrich, J.; Strüder, L.; Schlichting, I.; Chapman, H. N.; Spence, J. C. H.; Bogan, M. J.: Single-particle structure determination by correlations of snapshot X-ray diffraction patterns. Nature Communications 3, 1276, pp. 1 - 7 (2012)

Boutet, S.; Lomb, L.; Williams, G. J.; Barends, T.; Aquila, A.; Doak, R. B.; Weierstall, U.; DePonte, D. P.; Steinbrener, J.; Shoeman, R. L. et al.; Messerschmidt, M.; Barty, A.; White, T. A.; Kassemeyer, S.; Kirian, R. A.; Seibert, M. M.; Montanez, P. A.; Kenney, C.; Herbst, R.; Hart, P.; Pines, J.; Haller, G.; Gruner, S. M.; Philipp, H. T.; Tate, M. W.; Hromalik, M.; Koerner, L. J.; van Bakel, N.; Morse, J.; Ghonsalves, W.; Arnlund, D.; Bogan, M. J.; Caleman, C.; Fromme, R.; Hampton, C. Y.; Hunter, M. S.; Johansson, L.; Katona, G.; Kupitz, C.; Liang, M.; Martin, A. V.; Nass, K.; Redecke, L.; Stellato, F.; Timneanu, N.; Wang, D.; Zatsepin, N. A. A.; Schafer, D.; Defever, J.; Neutze, R.; Fromme, P.; Spence, J. C. H.; Chapman, H. N.; Schlichting, I.: High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography. Science 337 (6092), pp. 362 - 364 (2012)

Kassemeyer, S.; Steinbrener, J.; Lomb, L.; Hartmann, E.; Aquila, A.; Barty, A.; Martin, A. V.; Hampton, C. Y.; Bajt, S.; Barthelmess, M. et al.; Barends, T.; Bostedt, C.; Bott, M.; Bozek, J. D.; Coppola, N.; Cryle, M.; DePonte, D. P.; Doak, R. B.; Epp, S. W.; Erk, B.; Fleckenstein, H.; Foucar, L.; Graafsma, H.; Gumprecht, L.; Hartmann, A.; Hartmann, R.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Hömke, A.; Holl, P.; Jönsson, O.; Kimmel, N.; Krasniqi, F.; Liang, M.; Maia, F. R.N.C.; Marchesini, S.; Nass, K.; Reich, C.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Schmidt, C.; Schulz, J.; Shoeman, R. L.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Spence, J. C. H.; Starodub, D.; Stellato, F.; Stern, S.; Stier, G.; Svenda, M.; Weidenspointner, G.; Weierstall, U.; White, T. A.; Wunderer, C. B.; Frank, M.; Chapman, H. N.; Joachim, U.; Strüder, L.; Bogan, M. J.; Schlichting, I.: Femtosecond free-electron laser x-ray diffraction data sets for algorithm development. Optics Express 20 (4), pp. 4149 - 4158 (2012)

Aquila, A.; Hunter, M. S.; Doak, R. B.; Kirian, R. A.; Fromme, P.; White, T. A.; Andreasson, J.; Arnlund, D.; Bajt, S.; Barends, T. et al.; Barthelmess, M.; Bogan, M. J.; Bostedt, C.; Bottin, H.; Bozek, J. D.; Caleman, C.; Coppola, N.; Davidsson, J.; DePonte, D. P.; Elser, V.; Epp, S. W.; Erk, B.; Fleckenstein, H.; Foucar, L.; Frank, M.; Fromme, R.; Graafsma, H.; Grotjohann, I.; Gumprecht, L.; Hajdu, J.; Hampton, C. Y.; Hartmann, A.; Hartmann, R.; Hau−Riege, S. P.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Holl, P.; Holton, J. M.; Hömke, A.; Johansson, L.; Kimmel, N.; Kassemeyer, S.; Krasniqi, F.; Kühnel, K.; Liang, M.; Lomb, L.; Malmerberg, E.; Marchesini, S.; Martin, A. V.; Maia, F. R.N.C.; Messerschmidt, M.; Nass, K.; Reich, C.; Neutze, R.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Schlichting, I.; Schmidt, C.; Schmidt, K. E.; Schulz, J.; Seibert, M. M.; Shoeman, R. L.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Starodub, D.; Stellato, F.; Stern, S.; Strüder, L.; Timneanu, N.; Ullrich, J.; Wang, X.; Williams, G. J.; Weidenspointner, G.; Weierstall, U.; Wunderer, C. B.; Barty, A.; Spence, J. C. H.; Chapman, H. N.: Time-resolved protein nanocrystallography using an X-ray free-electron laser. Optics Express 20 (3), pp. 2706 - 2716 (2012)

Johansson, L. C.; Arnlund, D.; White, T. A.; Katona, G.; DePonte, D. P.; Weierstall, U.; Doak, R. B.; Shoeman, R. L.; Lomb, L.; Malmerberg, E. et al.; Davidsson, J.; Nass, K.; Liang, M.; Andreasson, J.; Aquila, A.; Bajt, S.; Barthelmess, M.; Barty, A.; Bogan, M. J.; Bostedt, C.; Bozek, J. D.; Caleman, C.; Coffee, R. N.; Coppola, N.; Ekeberg, T.; Epp, S. W.; Erk, B.; Fleckenstein, H.; Foucar, L.; Graafsma, H.; Gumprecht, L.; Hajdu, J.; Hampton, C. Y.; Hartmann, R.; Hartmann, A.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Holl, P.; Hunter, M. S.; Kassemeyer, S.; Kimmel, N.; Kirian, R. A.; Maia, F. R. N. C.; Marchesini, S.; Martin, A. V.; Reich, C.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Schlichting, I.; Schulz, J.; Seibert, M. M.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Starodub, D.; Stellato, F.; Stern, S.; Strüder, L.; Timneanu, N.; Ullrich, J.; Wahlgren, W. Y.; Wang, X.; Weidenspointner, G.; Wunderer, C.; Fromme, P.; Chapman, H. N.; Spence, J. C. H.; Neutze, R.: Lipidic phase membrane protein serial femtosecond crystallography. Nature methods 9 (3), pp. 263 - 265 (2012)

Koopmann, R.; Cupelli, K.; Redecke, L.; Nass, K.; DePonte, D. P.; White, T. A.; Stellato, F.; Rehders, D.; Liang, M.; Andreasson, J. et al.; Aquila, A.; Bajt, S.; Barthelmess, M.; Barty, A.; Bogan, M. J.; Bostedt, C.; Boutet, S.; Bozek, J. D.; Caleman, C.; Coppola, N.; Davidsson, J.; Doak, R. B.; Ekeberg, T.; Epp, S. W.; Erk, B.; Fleckenstein, H.; Foucar, L.; Graafsma, H.; Gumprecht, L.; Hajdu, J.; Hampton, C. Y.; Hartmann, A.; Hartmann, R.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Holl, P.; Hunter, M. S.; Kassemeyer, S.; Kirian, R. A.; Lomb, L.; Maia, F. R. N. C.; Kimmel, N.; Martin, A. V.; Messerschmidt, M.; Reich, C.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Schlichting, I.; Schulz, J.; Seibert, M. M.; Shoeman, R. L.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Stern, S.; Strüder, L.; Timneanu, N.; Ullrich, J.; Wang, X.; Weidenspointner, G.; Weierstall, U.; Williams, G. J.; Wunderer, C. B.; Fromme, P.; Spence, J. C. H.; Stehle, T.; Chapman, H. N.; Betzel, C.; Duszenko, M.: In vivo protein crystallization opens new routes in structural biology. Nature methods 9 (3), pp. 259 - 262 (2012)

Barty, A.; Caleman, C.; Aquila, A.; Timneanu, N.; Lomb, L.; White, T. A.; Andreasson, J.; Arnlund, D.; Bajt, S.; Barends, T. et al.; Barthelmess, M.; Bogan, M. J.; Bostedt, C.; Bozek, J. D.; Coffee, R. N.; Coppola, N.; Davidsson, J.; DePonte, D. P.; Doak, R. B.; Ekeberg, T.; Elser, V.; Epp, S. W.; Erk, B.; Fleckenstein, H.; Foucar, L.; Fromme, P.; Graafsma, H.; Gumprecht, L.; Hajdu, J.; Hampton, C. Y.; Hartmann, R.; Hartmann, A.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Holl, P.; Hunter, M. S.; Johansson, L.; Kassemeyer, S.; Kimmel, N.; Kirian, R. A.; Liang, M.; Maia, F. R. N. C.; Malmerberg, E.; Marchesini, S.; Martin, A. V.; Nass, K.; Neutze, R.; Reich, C.; Rolles, D.; Rudek, B.; Rudenko, A.; Scott, H.; Schlichting, I.; Schulz, J.; Seibert, M. M.; Shoeman, R. L.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Spence, J. C. H.; Stellato, F.; Stern, S.; Strüder, L.; Ullrich, J.; Wang, X.; Weidenspointner, G.; Weierstall, U.; Wunderer, C. B.; Chapman, H. N.: Self-terminating diffraction gates femtosecond X-ray nanocrystallography measurements. Nature Photonics 6 (1), pp. 35 - 40 (2012)

Lomb, L.; Barends, T.; Kassemeyer, S.; Aquila, A.; Epp, S. W.; Erk, B.; Foucar, L.; Hartmann, R.; Rudek, B.; Rolles, D. et al.; Rudenko, A.; Shoeman, R. L.; Andreasson, J.; Bajt, S.; Barthelmess, M.; Barty, A.; Bogan, M. J.; Bostedt, C.; Bozek, J. D.; Caleman, C.; Coffee, R.; Coppola, N.; DePonte, D. P.; Doak, R. B.; Ekeberg, T.; Fleckenstein, H.; Fromme, P.; Gebhardt, M.; Graafsma, H.; Gumprecht, L.; Hampton, C. Y.; Hartmann, A.; Hauser, G.; Hirsemann, H.; Holl, P.; Holton1, J. M.; Hunter, M. S.; Kabsch, W.; Kimmel, N.; Kirian, R. A.; Liang, M.; Maia, F. R. N. C.; Meinhart, A.; Marchesini, S.; Martin, A. V.; Nass, K.; Reich, C.; Schulz, J.; Seibert, M. M.; Sierra, R. G.; Soltau, H.; Spence, J. C. H.; Steinbrener, J.; Stellato, F.; Stern, S.; Timneanu, N.; Wang, X.; Weidenspointner, G.; Weierstall, U.; White, T. A.; Wunderer, C. B.; Chapman, H. N.; Ullrich, J.; Strüder, L.; Schlichting, I.: Radiation damage in protein serial femtosecond crystallography using an x-ray free-electron laser. Physical Review B 84 (21), e214111, pp. 1 - 6 (2011)

Chapman, H. N.; Fromme, P.; Barty, A.; White, T. A.; Kirian, R. A.; Aquila, A.; Hunter, M. S.; Schulz, J.; DePonte, D. P.; Weierstall, U. et al.; Doak, R. B.; Filipe R. N. C. Maia, F. R. N. C.; Martin, A. V.; Schlichting, I.; Lomb, L.; Coppola, N.; Shoeman, R. L.; Epp, S. W.; Hartmann, R.; Rolles, D.; Rudenko, A.; Foucar, L.; Kimmel, N.; Weidenspointner, G.; Holl, P.; Liang, M.; Barthelmess, M.; Caleman, C.; Boutet, S.; Bogan, M. J.; Krzywinski, J.; Bostedt, C.; Bajt, S.; Gumprecht, L.; Rudek, B.; Erk, B.; Schmidt, C.; Hömke, A.; Reich, C.; Pietschner, D.; Strüder, L.; Hauser, G.; Gorke, H.; Ullrich, J.; Herrmann, S.; Schaller, G.; Schopper, F.; Soltau, H.; Kühnel, K.; Messerschmidt, M.; Bozek, J. D.; Hau−Riege, S. P.; Frank, M.; Hampton, C. Y.; Sierra, R. G.; Starodub, D.; Williams,, G. J.; Hajdu, J.; Timneanu, N.; Seibert, M. M.; Andreasson, J.; Rocker, A.; Jönsson, O.; Svenda, M.; Stern, S.; Nass, K.; Andritschke, R.; Schroeter, C.; Krasniqi, F.; Bott, M.; Schmidt, K. E.; Wang, X.; Grotjohann, I.; Holton, J. M.; Barends, T.; Neutze, R.; Marchesini, S.; Fromme, R.; Schorb, S.; Rupp, D.; Adolph, M.; Gorkhover, T.; Andersson, I.; Hirsemann, H.; Potdevin, G.; Graafsma, H.; Nilsson, B.; Spence, J. C. H.: Femtosecond X-ray protein nanocrystallography. Nature 470 (7332), pp. 73 - 77 (2011)

Seibert, M. M.; Ekeberg, T.; Maia, F. R. N. C.; Svenda, M.; Andreasson, J.; Odic, D.; Jönsson, O.; Iwan, B.; Rocker, A.; Westphal, D. et al.; Hantke, M.; DePonte, D. P.; Barty, A.; Schulz, J.; Gumprecht, L.; Coppola, N.; Aquila, A.; Liang, M.; White, T. A.; Martin, A. V.; Caleman, C.; Stern, S.; Abergel, C.; Seltzer, V.; Claverie, J.; Bostedt, C.; Bozek, J. D.; Boutet, S.; Miahnahri, A. A.; Messerschmidt, M.; Krzywinski, J.; Williams, G. J.; Hodgson, K. O.; Bogan, M. J.; Hampton, C. Y.; Sierra, R. G.; Starodub, D.; Andersson, I.; Bajt, S.; Barthelmess, M.; Spence, J. C. H.; Fromme, P.; Weierstall, U.; Kirian, R. A.; Hunter, M. S.; Doak, R. B.; Marchesini, S.; Hau−Riege, S. P.; Frank, M.; Shoeman, R. L.; Lomb, L.; Epp, S. W.; Hartmann, R.; Rolles, D.; Rudenko, A.; Schmidt, C.; Foucar, L.; Kimmel, N.; Holl, P.; Rudek, B.; Erk, B.; Hömke, A.; Reich, C.; Pietschner, D.; Weidenspointner, G.; Strüder, L.; Hauser, G.; Gorke, H.; Ullrich, J.; Schlichting, I.; Herrmann, S.; Schaller, G.; Schopper, F.; Soltau, H.; Kühnel, K.; Andritschke, R.; Schroeter, C. D.; Krasniqi, F.; Bott, M.; Schorb, S.; Rupp, D.; Adolph, M.; Gorkhover, T.; Hirsemann, H.; Potdevin, G.; Graafsma, H.; Nilsson, B.; Chapman, H. N.; Hajdu, J.: Single mimivirus particles intercepted and imaged with an X-ray laser. Nature 470 (7332), pp. 78 - 81 (2011)

Grünbein, M. L.; Nass Kovacs, G.; Kloos, M.; Gorel, A.; Doak, R. B.; Shoeman, R. L.; Barends, T. R. M.; Schlichting, I.: Crystallographic studies of rhodopsins: structure and dynamics. In: Methods in Molecular Biology, Vol. 2501, pp. 147 - 168. Humana, New York, NY (2022)

Stan, C. A.; Grünbein, M. L.; Foucar, L.; Gorel, A.; Hilpert, M.; Kloos, M.; Nass, K.; Nass Kovács, G.; Roome, C. M.; Shoeman, R. L. et al.; Stricker, M.; Carbajo, S.; Colocho, W.; Gilevich, S.; Hunter, M.; Lewandowski, J.; Lutman, A.; Koglin, J. E.; Lane, T. J.; van Driel, T.; Sheppard, J.; Vetter, S. L.; Turner, J.; Doak, R. B.; Barends, T. R. M.; Boutet, S.; Aquila, A. L.; Decker, F. J.; Schlichting, I.: Abstract: T21.00010: Protein molecular deformation and protein crystal damage induced by shock waves traveling in liquid microjets. 2:37 PM–2:50 PM. 74th Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics, Phoenix Convention Center, Phoenix, Arizona, November 21, 2021 - November 23, 2021. Bulletin of the American Physical Society, (2021)